크론병 치료는 부작용이 거의 없는 5-aminosalicylate (5-ASA)와 같은 약제로 시작해서 budesonide나 스테로이드를 추가하고 그래도 효과가 없으면 azathioprine과 같은 면역억제제, 생물학적제제 등으로 치료하는 순차적 치료 방침인 "step up" 치료가 주를 이루어왔으며, 현재 국내에서도 대부분 이러한 순서를 따르고 있다. 그러나 최근에는 중등도-중증 크론병의 경우 초기부터 항TNF제제 같은 생물학 제제를 사용하면 임상 경과와 점막 치유를 호전시키고 스테로이드의 부작용을 예방할 수 있다는 배경하에 크론병 진단 초기부터 치료 효과가 우수한 항TNF제제와 면역억제제를 투여하는 "top down" 치료를 하자는 주장도 제기되고 있다.